依托云南農(nóng)業(yè)大學(xué)建立的云南省生物大數(shù)據(jù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,幾年來以現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)為研究手段,選取云南特色生物資源為研究對象,進(jìn)行全基因組測序,完成基因組相關(guān)分析,現(xiàn)已初步建立云南藥用植物基因組學(xué)可視化數(shù)據(jù)庫。
據(jù)悉,云南省生物大數(shù)據(jù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室已完成多種云南特色藥用植物基因組解析,其中包括:鐵皮石斛基因組解析。在團(tuán)隊(duì)的共同努力下,使鐵皮石斛成為*個采用*新的二代結(jié)合第三代單分子測序技術(shù)進(jìn)行全基因組測序的復(fù)雜植物基因組。同時,也是云南省主導(dǎo)完成的*個植物基因組。瑪卡基因組解析。針對瑪卡基因組的研究為未來的十字花科植物的進(jìn)化、瑪卡的遺傳育種、瑪卡產(chǎn)業(yè)市場的規(guī)范化奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。并在Cell出版社旗下的子刊《Molecular Plant》期刊上發(fā)表論文。丹參基因組解析。重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室利用二代測序技術(shù)Illumina和三代單分子測序技術(shù)相結(jié)合,成功完成了高度雜合的丹參基因組組裝,并在國際學(xué)術(shù)期刊《Giga Science》上發(fā)表相關(guān)論文。辣木基因組解析。經(jīng)過努力,團(tuán)隊(duì)破譯了辣木3.16億對堿基排序,并發(fā)現(xiàn)一系列特有基因,為辣木的進(jìn)一步應(yīng)用研究奠定了基礎(chǔ)。三七基因組解析。為了獲得三七基因組信息,團(tuán)隊(duì)成功繪制了三七參考基因組圖譜,三七基因組論文已發(fā)表在《Molecular Plant》期刊上。這項(xiàng)研究將成為三七分子育種繼EST測序和RNA-seq之后的又一重要成果。此外,云南農(nóng)業(yè)大學(xué)生物大數(shù)據(jù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)已完成近百種中草藥轉(zhuǎn)錄組測序及解析,并與武漢植物園、華南植物園合作,進(jìn)行了中草藥的采樣、轉(zhuǎn)錄組測序,已完成近百種核心藥用植物轉(zhuǎn)錄組的組裝、分析。
在以上工作的基礎(chǔ)上,云南農(nóng)業(yè)大學(xué)生物大數(shù)據(jù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室初步完成了云南藥用植物組學(xué)數(shù)據(jù)庫的建立。為有效地促進(jìn)藥用植物資源整合,實(shí)現(xiàn)資源共享,重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室還構(gòu)建了中草藥組學(xué)數(shù)據(jù),分為基因組(5-10個物種)、轉(zhuǎn)錄組(多于100個物種)、合成通路三個部分,實(shí)現(xiàn)百種中草藥數(shù)據(jù)的共享、利用,滿足有效成分合成生物學(xué)對關(guān)鍵合成酶的查找、定位功能,極大地促進(jìn)了相關(guān)研究工作效率的提升,實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)縱向系統(tǒng)貫穿、橫向分享分析,達(dá)到了提高藥用植物研究交流水平和數(shù)據(jù)共享的目的。
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