*近，中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)國(guó)家玉米改良中心田豐教授團(tuán)隊(duì)與楊小紅教授團(tuán)隊(duì)合作研究，以368份玉米自交系未成熟籽粒為實(shí)驗(yàn)材料，定位玉米種全基因組水平QTL(數(shù)量性狀位點(diǎn)），全面解析了其可變剪接的調(diào)控機(jī)制，并為研究表型變異提供了重要線索。

　　可變剪接，這個(gè)早在上世紀(jì)就被提出的概念，在近幾年的研究中，又“火”了起來(lái)?？茖W(xué)家們發(fā)現(xiàn)，可變剪接不僅豐富蛋白質(zhì)組多樣性，還在生物體內(nèi)起著重要的調(diào)控作用。

　　可變剪接是什么？這項(xiàng)研究有了什么新發(fā)現(xiàn)？是怎樣得出來(lái)的？實(shí)驗(yàn)中的難點(diǎn)是什么？對(duì)之后的研究有怎樣的借鑒意義？

　　玉米變異豐富 比人猿間差異還大

　　可變剪接，又稱選擇性剪接。其過(guò)程是未成熟的mRNA（信使RNA）分子通過(guò)選擇不同的剪切位點(diǎn)，切除掉其部分片段，將剩余片段以多樣化組合方式重新連接在一起，形成多種不同結(jié)構(gòu)的成熟mRNA分子。

　　“簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，就是一個(gè)前體mRNA分子可以經(jīng)過(guò)不同的加工方式，形成不同的成熟mRNA產(chǎn)物。”該論文*作者、中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)玉米改良中心陳秋月博士解釋道，這就像用剪刀去剪繩子、再把剪下來(lái)的繩段重新打結(jié)一樣，剪哪里、剪幾刀、留下哪些繩段、以什么順序打結(jié)，這些都會(huì)產(chǎn)生不同的新繩。

　　成熟mRNA分子可翻譯表達(dá)各種不同的蛋白質(zhì)，因此，可變剪接自上世紀(jì)被提出以來(lái)，就被認(rèn)為是豐富蛋白質(zhì)組多樣性的主要機(jī)制。近幾年，隨著科學(xué)家們通過(guò)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)可變剪接在細(xì)胞內(nèi)還起著重要的調(diào)控作用，以及高通量測(cè)序技術(shù)及生物信息學(xué)的飛速發(fā)展，可變剪接的相關(guān)研究又“火熱”起來(lái)，這些研究分別從不同環(huán)境下比對(duì)單個(gè)基因和個(gè)別品種可變剪接變化的角度展開(kāi)。而這次實(shí)驗(yàn)所采用的全基因組水平QTL定位方法，在植物學(xué)領(lǐng)域是*創(chuàng)新嘗試。

　　QTL是指控制數(shù)量性狀的基因在基因組中的位置。全基因組水平QTL定位，通俗地講，就是在全基因組范圍內(nèi)，把控制株高、籽粒重等變異連續(xù)性狀的各基因，在基因組中的位置給找出來(lái)。

　　為更接近玉米群體真實(shí)轉(zhuǎn)錄水平，研究團(tuán)隊(duì)采用自然群體，以368份玉米自交系未成熟籽粒為實(shí)驗(yàn)材料，對(duì)轉(zhuǎn)錄本組，即一個(gè)基因通過(guò)可變剪接轉(zhuǎn)錄形成的多種成熟mRNA，進(jìn)行重新組裝，獲得了以往未被研究的新轉(zhuǎn)錄本。

　　“玉米遺傳多樣性高，基因組變異和表型變異都非常豐富。任何兩顆玉米之間的差異，都比人和猩猩之間的差異大。”論文共同*作者、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)作物遺傳改良國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室博士后劉海軍說(shuō)，“并且玉米是異交作物，連鎖不平衡衰減很快，定位精度高，非常適合用來(lái)研究可變剪接的遺傳機(jī)理。”

　　對(duì)實(shí)驗(yàn)材料的轉(zhuǎn)錄本組取樣是項(xiàng)繁重的工作。368份玉米自交系，每份自交系種植15株，再選3到5株做自交，在成功收獲的每根玉米棒上用手術(shù)刀取15顆完整籽粒。算下來(lái)，一共需要人工剝?nèi)?萬(wàn)多顆玉米粒，這僅是取樣的*步?？蒲袌F(tuán)隊(duì)還需將玉米粒在零下190攝氏度液氮環(huán)境下磨碎，再進(jìn)行RNA提取工作。

　　“雙手磨出泡是常有的事兒。擔(dān)心唾液淀粉酶降解掉RNA，我們必須要戴雙層口罩，不能說(shuō)話，*下來(lái)耳朵那兒被繩子勒得很疼。”陳秋月講述道，“這次實(shí)驗(yàn)涉及1萬(wàn)多個(gè)基因，SNP標(biāo)記有125萬(wàn)個(gè)，數(shù)據(jù)分析工作量很大。而且實(shí)驗(yàn)室服務(wù)器的容量不夠，我那會(huì)兒經(jīng)常到別的實(shí)驗(yàn)室借機(jī)器用，還去過(guò)武漢借華中農(nóng)大的超級(jí)計(jì)算機(jī)跑程序。”

　　不同QTL 功能定位各負(fù)其責(zé)

　　該項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)，可變剪接能通過(guò)與不同層次的分子調(diào)控機(jī)制頻繁偶聯(lián)，進(jìn)而廣泛參與細(xì)胞轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控。

　　其中一類(lèi)調(diào)控機(jī)制是小RNA介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。小RNA，一種非編碼單鏈RNA分子，會(huì)識(shí)別與之序列相匹配的轉(zhuǎn)錄本，并和其他蛋白一起將其降解。“但如果因?yàn)榭勺兗艚颖磉_(dá)出不含相應(yīng)識(shí)別位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄本，則不會(huì)受此影響。”劉海軍說(shuō)。

　　還有一類(lèi)是無(wú)義介導(dǎo)的mRNA降解機(jī)制。“通過(guò)內(nèi)含子保留形成的轉(zhuǎn)錄本中，保留下來(lái)的這段內(nèi)含子上如果含有終止密碼子，就會(huì)導(dǎo)致翻譯提前終止，這樣的mRNA序列就會(huì)被細(xì)胞降解掉。”劉海軍解釋道。

　　除此之外，可變剪接也對(duì)小干擾多肽起著調(diào)控作用。轉(zhuǎn)錄因子在此過(guò)程中扮演著核心角色。轉(zhuǎn)錄因子是基因表達(dá)調(diào)控研究領(lǐng)域的“明星”，一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子可以影響一系列下游的基因在何時(shí)何地表達(dá)，甚至表達(dá)量的多少。有一類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子，由于其上存在一段多聚化功能區(qū)域，需通過(guò)形成二聚體才能發(fā)揮作用。

　　劉海軍將這樣的功能區(qū)域形象比喻為轉(zhuǎn)錄因子的“手”，并進(jìn)一步解釋?zhuān)?ldquo;如果可變剪接，比如外顯子跳躍，使得轉(zhuǎn)錄出的轉(zhuǎn)錄因子丟掉了發(fā)揮識(shí)別功能的區(qū)域，但是其他的功能域特別是‘手’還被保留下來(lái)，那這些因不能識(shí)別DNA而無(wú)法正常行使功能的轉(zhuǎn)錄因子片段，就會(huì)死纏爛打地牽著功能正常的蛋白質(zhì)，大量消耗正常轉(zhuǎn)錄因子，使其也無(wú)法行使調(diào)控作用了。”

　　該實(shí)驗(yàn)通過(guò)對(duì)玉米全基因組QTL進(jìn)行定位，發(fā)現(xiàn)sQTL（控制可變剪接變異的QTL）與eQTL（控制基因表達(dá)的QTL）共定位的情況占比很小。由此看來(lái)，基因表達(dá)總量的多少和其轉(zhuǎn)錄本組的比例構(gòu)成，二者關(guān)系并不密切。

　　“就像在家庭關(guān)系中老公掙錢(qián)交給老婆，老婆操心分配這些錢(qián)該怎么花，掙錢(qián)的總量和分配下去的比例這兩個(gè)過(guò)程是相對(duì)獨(dú)立的，或者說(shuō)由不同角色來(lái)負(fù)責(zé)的。”劉海軍對(duì)科技日?qǐng)?bào)講解道，“當(dāng)然也有同一個(gè)人說(shuō)了算的情況，但是這種情況的比例比較低。”

　　指揮“千軍萬(wàn)馬”的“司令官”

　　有一個(gè)小家伙引起了研究人員的特別注意。實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，一條叫做ZmGRP1的基因可以調(diào)控高達(dá)一千多個(gè)下游基因的可變剪接。陳秋月表示，由于此前已有研究發(fā)現(xiàn)，ZmGRP1在擬南芥中的同源蛋白AtGRP7和AtGRP8可以調(diào)控許多基因的可變剪接，由此她推測(cè)ZmGRP1也有相似的功能。

　　為證實(shí)這一設(shè)想，她利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)，敲除該基因編碼區(qū)，被破壞掉編碼區(qū)的ZmGRP1就無(wú)法正常表達(dá)。將經(jīng)過(guò)此處理的植株和正常植株進(jìn)行比對(duì)，發(fā)現(xiàn)有一千多個(gè)基因的可變剪接受到影響。ZmGRP1就如司令官指揮千軍萬(wàn)馬一般，調(diào)控著這些基因的可變剪接。

　　此外，根據(jù)此次QTL定位圖譜中的一些sQTL與eQTL共定位現(xiàn)象，科學(xué)家們推測(cè)，可變剪接變異可能直接影響表型變異，但具體的調(diào)控過(guò)程仍有待探索。

　　“在這方面我們的結(jié)果更重要地是提供了一個(gè)資源，可以讓玉米界其他研究具體性狀或者具體基因的同仁參考、借鑒。”劉海軍表示。可以展望的是，在今后的研究中，或可在不影響基因表達(dá)的情況下，人為改變其轉(zhuǎn)錄本構(gòu)成，可以對(duì)玉米性狀進(jìn)行更精細(xì)的調(diào)控。

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